とはいえ、イエネコの原型になったリビアヤマネコとイエネコとでは、やはり違いも見られます。もっともわかりやすい違いは、やはり被毛でしょう。リビアヤマネコの毛色は明るめのキジトラ模様の単一で、四足や尾の縞模様ははっきりしていますが、背面の模様はぼんやりしていて薄くなっています。いわゆるヤマネコといわれるベンガルヤマネコやオオヤマネコなどの野生のネコが極めて警戒心が強く、凶暴な面があるのと比べるとリビアヤマネコは人になつきやすく、2007年に本格的なDNA解析でイエネコが1万5千年～1万1千年ごろの時期にリビアヤマネコから派生した亜種であると科学的に証明される以前から、イエネコの祖先であろうと推定されていました。
リビアヤマネコの単一の被毛に比べて、イエネコは黒、白、灰の単色に加え、トラ(赤茶色地の縞)、白地に各所に色が混じった斑などに加え、近代からは人為的にさまざまな毛色が作出されています。野生では目立つために定着せずに淘汰されてしまうアルビノ系の白ネコも人と暮らすことにより生き残り、さらに白ネコと通常のネコが交配することで毛色に複雑な毛色にさまざまな変異が生まれ、次第に多様化していきました。また、色素の少ない個体が生き残ることで、瞳の色も多様化しました。まるで外見を飾るのが好きなヒトという種を、見た目で楽しませてくれるように。

変わったところはもうひとつ。イエネコにはヤマネコにはない様々な形質の尻尾があることです。大型ネコ科のライオンやトラ、ヒョウ、チーターなどを見てもどれも長いまっすぐな尾を持っています。ヤマネコと言われる小型のネコ科も同様。野生のネコ科たちは獲物を追い、激しく方向転換をするとき、樹上や高所などを伝い歩くとき、長い尾を舵取りとして使用としているといわれています。短い尾は野生の厳しい生活では不利となるため淘汰され、短尾の野生ネコは見かけることはないですよね。
でもイエネコには様々な形や長さの尻尾があります。いわゆる長尾の25センチ以上の「フルテイル」、「幸せを引き寄せる」と言われる先端が曲がったカギ尻尾「キンクドテイル」、長さが10センチ以下の「ボブテイル」、尾の先端が完全に一回転して巻いている「コークスクリューテイル」などの他、「カールドテイル」といわれる全体が緩やかにカーブした尾や、「ランピー」と呼ばれる尻尾がまったくないタイプも。ランピーは、イギリスのマン島の特産種マンクスに見られる形質ですが、ランピーの個体同士をかけあわせると先天的障碍を持つ子供が生まれることが多く、注意を促されています。東アジアのネコには、尻尾が折れ曲がったり短くなる遺伝子形質が受け継がれていて、欧米やアフリカ起源のネコが特殊な島嶼タイプ(先述したマンクスなど)を除いてほとんど長尾なのに対し、短尾やカギ尻尾が多いことで知られています。日本ネコも、唐から渡ってきた奈良・平安時代には長尾でしたが、江戸時代頃には短い尾が多くなりました。これを品種として固定したのがジャバニーズボブテイルですが、日本のネコがどうして短い尾が多くなったかについては、江戸時代に交易拠点だったインドネシアの短尾ネコが長崎に渡ってきてその形質が広まったとか、妖怪猫又伝説の迷信から短い尾のネコを人間たちが好んで飼うようになったからだとか、あるいは小泉八雲(Lafcadio Hearn)の聞き書きによると子猫のうちに尻尾を切ってしまう習慣があったためだとか、さまざまに言われていますが、はっきりとはしていません。
マンクスの例は典型ですが、このような変形型の尻尾は野生で生き抜くには不利であり、怪我もしやすい(筆者の家のネコの一匹もコークスクリューテイルのために、コードを巻き込んでしまうなどの怪我には気をつけています)ために生き残ることがむずかしいのですが、人の庇護の下ならば問題なく生きていけます。尻尾のバリエーションは、人とともに生きているからこそ。まるで「貴方だけの私」を示すシグナル、サインのようにも思えますね。