「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」は、長崎県長崎市、佐世保市、平戸市、南島原市、北松浦郡小値賀町、南松浦郡新上五島町、五島市、熊本県天草市に点在する、江戸期潜伏キリシタン(切支丹)関連の12の歴史資産によって構成されています。
日本へのキリスト教の伝来は、1549（天文18）年、スペイン王国イエズス会の宣教師フランシスコ・ザビエル(Francisco de Xavier)によりもたらされましたが、豊臣秀吉の「バテレン追放令」を皮切りに、江戸時代に入っての徹底的なキリシタン弾圧によって、およそ250年間にわたる禁教弾圧の時代を迎えることになります。キリスト教信仰の禁制と信者への弾圧、そして信者の潜伏の歴史が、世界に類を見ない歴史遺産として認定されたわけですが、そもそもなぜ日本ではキリスト教は禁教とされたのでしょうか。日本は仏教国ですが、その仏教も外来の宗教です。そして仏教国とはいえ、一般の日本人は実質無宗教で、特定の宗教を熱心に信仰している人はごくわずかです。そんな日本で徹底的な宗教弾圧が行われたことには、理由がありました。

その大きな転機となったのは1596（慶長元年）年に土佐（高知県）の浦戸に、当時スペイン領だったフィリピンのマニラからメキシコのアカプルコに向かっていたスペイン船、サン-フェリペ号が漂着し騒動となった、いわゆるサン-フェリペ号事件です。このとき、捕縛されたサン・フェリペ号の水先案内人が「スペイン国王は宣教師を世界中に派遣し、まずその土地の民を教化し、その信徒を内応させて軍を導きいれ、その国を併呑する」という意味のことを告げたために秀吉が激怒、在日スペイン人宣教師を処刑した、という逸話がありますが、これは昭和になってからの創作のようです。
ただし、当時世界最強を誇っていたスペインが、実際に日本を最終的に植民地化しようと考えていたことは事実だったようで、まず、宣教師により信者を増やし、キリスト教に帰依させたキリシタン大名と結託、明(当時の中国)を攻撃、植民地化したあと、日本を東西で分断して武家政権を倒そう、と考えていたことが明らかになっています。当時戦国期がようやく沈静化したばかりの日本は、刀剣も充実し、自国大量生産に成功した火縄銃の数も世界的にもトップクラスでした。たとえ大帝国のスペインでも遠いヨーロッパからやってくるため、日本を武力で制圧するのに兵站に不安があったために、すぐに侵略することは控えていた、と言う事情があったのです。
こうしたスペインのもくろみは、自身も世界征服の野望を抱いていた秀吉にとっては看破することは容易であり、大阪の膝元でおおっぴらに宣教活動をしていたフランシスコ会の宣教師と信徒を長崎で処刑(二十六聖人殉教)、そして「バテレン追放令」によりキリスト教を実質禁教としたのでした。
秀吉から政権を奪い取った徳川家康もまた、基本的に秀吉の禁教政策を引き継ぎます。キリシタン国外追放令により約300人の信徒・司祭をマニラとマカオに追放。その中には、有名なキリシタン大名高山右近も含まれていました。、1622年の元和の大殉教（げんなのだいじゅんきょう）では、長崎において総勢55名のキリスト教徒と宣教師を火あぶりなどによって処刑しました。ここでは、フランシスコ会の宣教師のみならず、イエズス会、フランシスコ会、ドミニコ会のカトリック宣教師をことごとく処刑することになります。さらに1637年に島原半島と天草で勃発した空前の民衆蜂起「島原・天草の乱」では、反乱に参加していた者たちの大半がキリスト教徒であったことから、以降の江戸幕府の取り締まりは激しいものとなりました。「島原・天草の乱」は、決して宗教戦争ではなく、過大な年貢を課せられた農漁民たちの貧窮がきわまっての暴発だったのですが、特に九州西南部という地勢が、反体制勢力の温床となる危険性を重要視した江戸幕府は、以降スペイン・ポルトガルというカトリック両国との完全な断交、交易を許したオランダ・中国とも長崎の出島のみでの交易とする、いわゆる「鎖国」に舵を切ることになりました。