日本書紀や、藤原氏の家伝「藤氏家伝」に伝わる蘇我氏四代の悪行の数々は、蘇我氏から政治の実権を奪った中臣氏（後の藤原氏）による罪のなすりつけである可能性が高いとも言われています。
奈良県橿原市小綱町（しょうこちょう）には「入鹿神社」があり、明治期、逆賊である蘇我入鹿を奉ることをとがめられ、祭神からはずすように命じられた地元住民たちは、それでも蘇我入鹿を祭ることをやめなかったといわれ、実は蘇我入鹿が人々に慕われていたことをうかがわせます。若いころは小野妹子に従い隋に渡った名僧・旻（みん）に師事し、その旻をして「吾が堂に入る者、宗我太郎（そがのおおいらつこ）に如（し）くはなし」（藤氏家伝）、宗我太郎（入鹿のこと）に匹敵するものはないと言わしめた大秀才だったといわれています。
さて、「元興寺伽藍縁起帳」の中で、元興寺建立を計画する大々王（入鹿の祖父とされる蘇我馬子の別称）は、寺の建立を長男の蘇我善徳（そがのぜんとこ）と計画した、という記述がありますが、この善徳を聡耳皇子、またの名を馬屋門皇子と記しています。聡耳皇子、馬屋門皇子。この文字から思い浮かぶ人物がいるのではないでしょうか。十人の言葉を同時に聞き分け、厩（馬屋）に母がぶつかったときに生まれたという伝説を持つ、古代日本のスーパースター、聖徳太子です。善徳の「徳」と聖徳太子の「徳」とが一致することは言うまでもありません。
聖徳太子という名は日本書紀では一度も使われず、「厩戸豐聰耳皇子」と記されていますが、一貫して崇仏派（=隋・唐との交易重視派）であった蘇我氏とその錦の御旗として知られる聖徳太子はそもそもゆかりが深く、母親の穴穂部間人皇女（あなほべのはしひとのひめみこ）の母は蘇我稲目の娘・小姉君とされ、蘇我稲目は馬子の父。つまり、馬子の姪の息子が聖徳太子ということになります。蘇我氏についてはさまざまな改竄や隠蔽が行われた痕跡があり、馬子の息子・善徳が姪の息子につけかえられることもあったとしても不思議ではありません。
そして、「先代舊事本紀」（せんだいくじほんき）においては、580年「物部鎌姫大刀自、蘇我馬子の妻と為りて豊浦大臣を生む。名を入鹿連公」とあり、蘇我馬子の息子が入鹿である、となっています。豊浦大臣とは善徳のことであり、ということは、善徳は入鹿であり、入鹿は聖徳太子であった、ということになります。先述した「入鹿神社」には、「蘇我入鹿公」の木像座像が存在し、それは白髪白髭の初老の男性像です。殺された当時35歳前後だった、とされる伝承とは一致しません。蝦夷の兄で70歳ほどであったとすると、合致します。
この仮説は、現在では多くの人の巷間にのぼり、マンガのなかでも描かれていたりしますから、ご存知の方もきっと多いことでしょう。
問題は「聖徳太子が誰であったか」ではなく、「聖徳太子として伝えられる人物」が行ったとされることをなした者が誰であったか、というややこしい話で、そのように考えれば、中大兄皇子と中臣鎌足が殺した人物=蘇我蝦夷の息子とされる蘇我入鹿は実は蘇我蝦夷の兄である蘇我善徳であり、後に日本書紀で厩戸豐聰耳皇子として人格分離され、こっそり亡くなったことにされた、ということになるのです。なぜこのようなことをしなければならなかったかといえば、言うまでもなく、蘇我氏四代がいかに悪辣非道で天皇家にあだなす一族であったか、を史書として記すために、善行については厩戸豐聰耳皇子なる別人格を設定せざるを得なかったためでしょう。