5月の中旬ごろに北極圏に帰還したマガンたちは、雪や氷が溶け出して水の張った池があちこちに出来始める5月の末ごろ、集団からつがいに分散して、おのおののカップルで営巣をはじめます。
地上の窪みに地衣類、葉、枝などを敷き、綿羽で産座を作ります。6月に入ると産座で産卵がはじまります。ちなみに、交尾は渡りの中継地などで行われることが多いようです。3日で2つくらいのペースで産んでいって、ひとつ産むごとに草の茎や羽毛を卵の周囲にも敷き詰めていきます。卵の数は3～7個、平均5つくらい産みます。

卵を産み終えると約4週間もの抱卵期間に入ります。マガンは、カモ類やツバメなどのようにペアを頻繁に代える種とは違い、基本的に終生添い遂げるといわれています。抱卵は常に雌が単独で行い、雄は抱卵をしません。期間中雌が卵を離れるのはわずか20～40分くらいで、その間に急いで食べ物をかきこみ、用を足します。この時期、北極圏は白夜の季節。太陽の位置が最も低くなり、薄暗くなった時間帯を選んで巣を離れる慎重さです。
一方雄は、外敵から卵を守るために不眠不休で警戒し続けます。
孵化が近づくと、卵の中で雛が鳴き始めます。すると母鳥は抱卵したまま低い鳴き声で応じて、雛に親の存在を知らせます。こうして卵から出てきた雛は、すでに自分の親鳥を認識できていることになります。
雛が生まれてからの時期は最も危険の多い期間。夏と言っても冷え込む北極圏。雌は自身の翼の下に雛たちを覆い、寒さから庇護します。雛は孵化すると、半日ほどですぐに歩きだし、大人と同じような草や穀類を自身でついばむことができます。雛は両親の後をついて行くことが多く、天敵との遭遇も格段に増えます。地上営巣性の鳥の場合、親鳥が囮行動をとることが知られますが、マガンの雄も、巣や雛たちと逆方向に捕食者のキツネや猛禽を誘導する囮行動をとります。
家族の行動範囲が広がり、採餌のために川や湖沼を行き来するようになると、次第に個別に暮らしていた別のマガン家族たちと合流し始めます。こうして、いくつかの家族が集団となって、雛を合同で守り育てるスクラムを形成するようになります。まるで共同保育園のようにして、さまざまな危険から雛たちを守るわけです。このような習性は、同じマガン類でも潅木の多いタイガに営巣するオオヒシクイやカリガネなどには見られず、開けたツンドラに暮らすマガンや、同じくツンドラで子育てするヒシクイの二種のみに見られるもの。
こうして雛が孵化して3週間ほど経ったころ、季節は真夏を迎えて気温も15度近くとなり、多くの羽虫が発生します。すると、鳥の中ではかなり極端な植物食であるガン類は、親も雛もその羽虫たちを盛んに食べるようになります。これは、親たちは換羽の、雛たちも飛ぶための正羽の形成のために必要な角質組織を生成するためのケラチンを摂取する必要性からです。
こうして綿毛に覆われた雛たちの体から尾羽や風切羽などの羽軸のある大人の羽根が生え始め、顔立ちもガンらしく変わってきます。体重は孵化後1ヶ月で親と同等になり、羽ばたきの練習も始めるようになります。わずかな夏の間に、雛は若鳥へと成長するのです。
8月ごろには北極圏は早くも秋の気配が色濃くなりだします。コケモモやブルーベリーなどの甘い実がなり、それを盛んに食べて、冬に備えるようになります。そして親鳥たちはわたりに備えて今年生まれた子どもたちの飛行訓練を開始します。この時期、マガン親子たちの水面から飛び立つための特訓の様子が見られるようになるのです。
こうして、9月を迎える頃には、家族を形成していない身軽な若い個体や、この年の繁殖に失敗したつがいたちから南への渡りを開始します。当年生まれた子どもを持つ家族はしばらく北の繁殖地にとどまり、やがて三々五々と南へと飛び立ちます。